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ArTS Archivio della ricerca di Trieste
We describe a reference panel of 64,976 human haplotypes at 39,235,157 SNPs constructed using whole-genome sequence data from 20 studies of predominantly European ancestry. Using this resource leads to accurate genotype imputation at minor allele frequencies as low as 0.1% and a large increase in the number of SNPs tested in association studies, and it can help to discover and refine causal loci. We describe remote server resources that allow researchers to carry out imputation and phasing consistently and efficiently.
A reference panel of 64,976 haplotypes for genotype imputation
Mccarthy, Shane;Das, Sayantan;Kretzschmar, Warren;Delaneau, Olivier;Wood, Andrew R;Teumer, Alexander;Kang, Hyun Min;Fuchsberger, Christian;Danecek, Petr;Sharp, Kevin;Luo, Yang;Sidore, Carlo;Kwong, Alan;Timpson, Nicholas;Koskinen, Seppo;Vrieze, Scott;Scott, Laura J;Zhang, He;Mahajan, Anubha;Veldink, Jan;Peters, Ulrike;Pato, Carlos;van Duijn, Cornelia M;Gillies, Christopher E;GANDIN, ILARIA;Mezzavilla, Massimo;Gilly, Arthur;COCCA, MASSIMILIANO;Traglia, Michela;Angius, Andrea;Barrett, Jeffrey C;Boomsma, Dorrett;Branham, Kari;Breen, Gerome;Brummett, Chad M;Busonero, Fabio;Campbell, Harry;Chan, Andrew;Chen, Sai;Chew, Emily;Collins, Francis S;Corbin, Laura J;Smith, George Davey;Dedoussis, George;Dorr, Marcus;Farmaki, Aliki Eleni;Ferrucci, Luigi;Forer, Lukas;Fraser, Ross M;Gabriel, Stacey;Levy, Shawn;Groop, Leif;Harrison, Tabitha;Hattersley, Andrew;Holmen, Oddgeir L;Hveem, Kristian;Kretzler, Matthias;Lee, James C;Mcgue, Matt;Meitinger, Thomas;Melzer, David;Min, Josine L;Mohlke, Karen L;Vincent, John B;Nauck, Matthias;Nickerson, Deborah;Palotie, Aarno;Pato, Michele;Pirastu, Nicola;Mcinnis, Melvin;Richards, J. Brent;Sala, Cinzia;Salomaa, Veikko;Schlessinger, David;Schoenherr, Sebastian;Slagboom, P. Eline;Small, Kerrin;Spector, Timothy;Stambolian, Dwight;Tuke, Marcus;Tuomilehto, Jaakko;van den Berg, Leonard H;van Rheenen, Wouter;Volker, Uwe;Wijmenga, Cisca;Toniolo, Daniela;Zeggini, Eleftheria;GASPARINI, PAOLO;Sampson, Matthew G;Wilson, James F;Frayling, Timothy;de Bakker, Paul I. W;Swertz, Morris A;Mccarroll, Steven;Kooperberg, Charles;Dekker, Annelot;Altshuler, David;Willer, Cristen;Iacono, William;Ripatti, Samuli;Soranzo, Nicole;Walter, Klaudia;Swaroop, Anand;Cucca, Francesco;Anderson, Carl A;Myers, Richard M;Boehnke, Michael;Mccarthy, Mark I;Durbin, Richard
2016
Abstract
We describe a reference panel of 64,976 human haplotypes at 39,235,157 SNPs constructed using whole-genome sequence data from 20 studies of predominantly European ancestry. Using this resource leads to accurate genotype imputation at minor allele frequencies as low as 0.1% and a large increase in the number of SNPs tested in association studies, and it can help to discover and refine causal loci. We describe remote server resources that allow researchers to carry out imputation and phasing consistently and efficiently.
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2021-2023 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
