Analisi del trascrittoma del muscolo di suino mediante Serial Analysis of Gene Expression (SAGE). Lo scopo dello studio è stato di studiare il profilo trascrizionale di mRNA di muscolo suino adattando il metodo SAGE, sviluppato per l’uomo. Allo scopo sono stati prelevati dei campioni di longissimus dorsi da suini di 9 mesi mediante biopsia e, dopo estrazione dell’mRNA e retrotrascrizione in cDNA, sono stati analizzati mediante SAGE. Il metodo utilizzato ha previsto la costruzione di librerie di tag a 17bp (LongSAGE), una variante dell’originale protocollo che produceva tag da 10bp troppo corti per la corretta localizzazione su un genoma ancora poco caratterizzato. Inoltre sono state apportate alcune modifiche alla metodica originale per aumentare il controllo tra le numerose fasi procedurali. Allo stato, sono stati identificati oltre 750 tags corrispondenti a geni espressi nel muscolo, variabili per quantità da 1 a 43 coppie di mRNA trascritto. I risultati preliminari indicano la possibilità di utilizzare il metodo SAGE per gli studi di associazione con i caratteri fenotipici e per confrontare condizioni fisiologiche diverse nel suino.

Transcriptome of pig muscle assessed by erial analysis of gene expression (SAGE)

DAL MONEGO, SIMEONE;PALLAVICINI, Alberto;GRAZIOSI, GIORGIO;
2005

Abstract

Analisi del trascrittoma del muscolo di suino mediante Serial Analysis of Gene Expression (SAGE). Lo scopo dello studio è stato di studiare il profilo trascrizionale di mRNA di muscolo suino adattando il metodo SAGE, sviluppato per l’uomo. Allo scopo sono stati prelevati dei campioni di longissimus dorsi da suini di 9 mesi mediante biopsia e, dopo estrazione dell’mRNA e retrotrascrizione in cDNA, sono stati analizzati mediante SAGE. Il metodo utilizzato ha previsto la costruzione di librerie di tag a 17bp (LongSAGE), una variante dell’originale protocollo che produceva tag da 10bp troppo corti per la corretta localizzazione su un genoma ancora poco caratterizzato. Inoltre sono state apportate alcune modifiche alla metodica originale per aumentare il controllo tra le numerose fasi procedurali. Allo stato, sono stati identificati oltre 750 tags corrispondenti a geni espressi nel muscolo, variabili per quantità da 1 a 43 coppie di mRNA trascritto. I risultati preliminari indicano la possibilità di utilizzare il metodo SAGE per gli studi di associazione con i caratteri fenotipici e per confrontare condizioni fisiologiche diverse nel suino.
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