Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020

Alm, E.; Broberg, E. K.; Connor, T.; Hodcroft, E. B.; Komissarov, A. B.; Maurer-Stroh, S.; Melidou, A.; Neher, R. A.; O'Toole, A.; Pereyaslov, D.; Beerenwinkel, N.; Posada-Cespedes, S.; Jablonski, K. P.; Ferreira, P. F.; Topolsky, I.; Avsic-Zupanc, T.; Korva, M.; Poljak, M.; Zakotnik, S.; Zorec, T. M.; Bragstad, K.; Hungnes, O.; Stene-Johansen, K.; Reusken, C.; Meijer, A.; Vennema, H.; Ruiz-Roldan, L.; Bracho, M. A.; Garcia-Gonzalez, N.; Chiner-Oms, A.; Cancino-Munoz, I.; Comas, I.; Goig, G. A.; Torres-Puente, M.; Lopez, M. G.; Martinez-Priego, L.; D'Auria, G.; Ruiz-Hueso, P.; Ferrus-Abad, L.; de Marco, G.; Galan-Vendrell, I.; Carbo-Ramirez, S.; Ruiz-Rodriguez, P.; Coscolla, M.; Polackova, K.; Kramna, L.; Cinek, O.; Richter, J.; Krashias, G.; Tryfonos, C.; Bashiardes, S.; Koptides, D.; Christodoulou, C.; Bartolini, B.; Gruber, C. E.; Di Caro, A.; Castilletti, C.; Stefani, F.; Rimoldi, S. G.; Romeri, F.; Salerno, F.; Polesello, S.; Nagy, A.; Jirincova, H.; Vecerova, J.; Novakova, L.; Cordey, S.; Murtskhvaladze, M.; Kotaria, N.; Schar, T.; Beisel, C.; Vugrek, O.; Rokic, F.; Trgovec-Greif, L.; Jurak, I.; Rukavina, T.; Sucic, N.; Schonning, K.; Karst, S. M.; Kirkegaard, R. H.; Michaelsen, T. Y.; Sorensen, E. A.; Knutson, S.; Brandt, J.; Le-Quy, V.; Sorensen, T.; Petersen, C.; Pedersen, M. S.; Larsen, S. L.; Skov, M. N.; Rasmussen, M.; Fonager, J.; Fomsgaard, A.; Maksyutov, R. A.; Gavrilova, E. V.; Pyankov, O. V.; Bodnev, S. A.; Tregubchak, T. V.; Shvalov, A. N.; Antonets, D. V.; Resende, P. C.; Goya, S.; Perrin, A.; Lee, R. T.; Yadahalli, S.; Han, A. X.; Russell, C. A.; Schmutz, S.; Zaheri, M.; Kufner, V.; Huber, M.; Trkola, A.; Antwerpen, M.; Walter, M. C.; van der Werf, S.; Gambaro, F.; Behillil, S.; Enouf, V.; Donati, F.; Ustinova, M.; Rovite, V.; Klovins, J.; Savicka, O.; Wienecke-Baldacchino, A. K.; Ragimbeau, C.; Fournier, G.; Mossong, J.; Aberle, S. W.; Haukland, M.; Enkirch, T.; Advani, A.; Karlberg, M. L.; Lindsjo, O. K.; Broddesson, S.; Slavikova, M.; Lickova, M.; Klempa, B.; Staronova, E.; Ticha, E.; Szemes, T.; Rusnakova, D.; Stadler, T.; Quer, J.; Anton, A.; Andres, C.; Pinana, M.; Garcia-Cehic, D.; Pumarola, T.; Izopet, J.; Gioula, G.; Exindari, M.; Papa, A.; Chatzidimitriou, D.; Metallidis, S.; Pappa, S.; Macek, M.; Geryk, J.; Broz, P.; Briksi, A.; Hubacek, P.; Drevinek, P.; Zajac, M.; Kvapil, P.; Holub, M.; Kvapilova, K.; Novotny, A.; Kasny, M.; Klempt, P.; Vapalahti, O.; Smura, T.; Sironen, T.; Selhorst, P.; Anthony, C.; Arien, K.; Simon-Loriere, E.; Rabalski, L.; Bienkowska-Szewczyk, K.; Borges, V.; Isidro, J.; Gomes, J. P.; Guiomar, R.; Pechirra, P.; Costa, I.; Duarte, S.; Vieira, L.; Pyrc, K.; Zuckerman, N. S.; Turdikulova, S.; Abdullaev, A.; Dalimova, D.; Abdurakhimov, A.; Tagliabracci, A.; Alessandrini, F.; Melchionda, F.; Onofri, V.; Turchi, C.; Bagnarelli, P.; Menzo, S.; Caucci, S.; Di Sante, L.; Popa, A.; Genger, J. -W.; Agerer, B.; Lercher, A.; Endler, L.; Smyth, M.; Penz, T.; Schuster, M.; Senekowitsch, M.; Laine, J.; Bock, C.; Bergthaler, A.; Shevtsov, A.; Kalendar, R.; Ramanculov, Y.; Graf, A.; Muenchhoff, M.; Keppler, O. T.; Krebs, S.; Blum, H.; Marcello, A.; Licastro, D.; D'Agaro, P.; Laubscher, F.; Vidanovic, D.; Tesovic, B.; Volkening, J.; Clementi, N.; Mancini, N.; Rupnik, M.; Mahnic, A.; Walker, A.; Houwaart, T.; Wienemann, T.; Vasconcelos, M. K.; Strelow, D.; Jensen, B. -E. O.; Senff, T.; Hulse, L.; Adams, O.; Andree, M.; Hauka, S.; Feldt, T.; Keitel, V.; Kindgen-Milles, D.; Timm, J.; Pfeffer, K.; Dilthey, A. T.; Moore, C.; Ozdarendeli, A.; Pavel, S. T. I.; Yetiskin, H.; Aydin, G.; Holyavkin, C.; Uygut, M. A.; Cevik, C.; Shchetinin, A.; Gushchin, V.; Dinler-Doganay, G.; Doganay, L.; Kizilboga-Akgun, T.; Karacan, I.; Pancer, K.; Maes, P.; Marti-Carreras, J.; Wawina-Bokalanga, T.; Vanmechelen, B.; Thurmer, A.; Wedde, M.; Durrwald, R.; von Kleist, M.; Drechsel, O.; Wolff, T.; Fuchs, S.; Kmiecinski, R.; Michel, J.; Nitsche, A.; Casas, I.; Caballero, M. I.; Zaballos, A.; Jimenez, P.; Jimenez, M.; Fernandez, S. M.; Fernandez, S. V.; de la Plaza, I. C.; Fadeev, A.; Ivanova, A.; Sergeeva, M.; Stefanelli, P.; Estee Torok, M.; Hall, G.; da Silva Filipe, A.; Turtle, L.; Afifi, S.; Mccluggage, K.; Beer, R.; Ledesma, J.; Maksimovic, J.; Spellman, K.; Hamilton, W. L.; Marchbank, A.; Southgate, J. A.; Underwood, A.; Taylor, B.; Yeats, C.; Abudahab, K.; Gemmell, M. R.; Eccles, R.; Lucaci, A.; Nelson, C. A.; Rainbow, L.; Whitehead, M.; Gregory, R.; Haldenby, S.; Paterson, S.; Hughes, M. A.; Curran, M. D.; Baker, D.; Tucker, R.; Green, L. R.; Feltwell, T.; Halstead, F. D.; Wyles, M.; Jahun, A. S.; Ahmad, S. S. Y.; Georgana, I.; Goodfellow, I.; Yakovleva, A.; Meredith, L. W.; Gavriil, A.; Awan, A. R.; Fisher, C.; Edgeworth, J.; Lynch, J.; Moore, N.; Williams, R.; Kidd, S. P.; Cortes, N.; Brunker, K.; Mccrone, J. T.; Quick, J.; Duckworth, N.; Walsh, S.; Sloan, T.; Ludden, C.; George, R. P.; Eltringham, G.; Brown, J. R.; Aranday-Cortes, E.; Shepherd, J. G.; Hughes, J.; K. K., Li; Williams, T. C.; Johnson, N.; Jesudason, N.; Mair, D.; Thomson, E.; Shah, R.; Parr, Y. A.; Carmichael, S.; Robertson, D. L.; Nomikou, K.; Broos, A.; Niebel, M.; Smollett, K.; Tong, L.; Miah, S.; Wittner, A.; Phillips, N.; Payne, B.; Dewar, R.; Holmes, A.; Bolt, F.; Price, J. R.; Mookerjee, S.; Sethi, D. K.; Potter, W.; Stanley, R.; Prakash, R.; Dervisevic, S.; Graham, J. C.; Nelson, A.; Smith, D.; Young, G. R.; Yew, W. C.; Todd, J. A.; Trebes, A.; Andersson, M.; Bull, M.; Watkins, J.; Birchley, A.; Gatica-Wilcox, B.; Gilbert, L.; Kumziene-Summerhayes, S.; Rey, S.; Chauhan, A.; Butcher, E.; Bicknell, K.; Elliott, S.; Glaysher, S.; Lackenby, A.; Bibby, D.; Platt, S.; Mohamed, H.; Machin, N. W.; Mbisa, J. L.; Evans, J.; Perry, M.; Pacchiarini, N.; Corden, S.; Adams, A. G.; Gaskin, A.; Coombs, J.; Graham, L. J.; Cottrell, S.; Morgan, M.; Gifford, L.; Kolyva, A.; Rudder, S. J.; Trotter, A. J.; Mather, A. E.; Aydin, A.; Page, A. J.; Kay, G. L.; de Oliveira Martins, L.; Yasir, M.; Alikhan, N. -F.; Thomson, N. M.; Gilroy, R.; Kingsley, R. A.; O'Grady, J.; Gutierrez, A. V.; Diaz, M.; Viet, T. L.; Tedim, A. P.; Adriaenssens, E. M.; Patrick Mcclure, C.; Moore, C.; Sang, F.; Clark, G.; Howson-Wells, H. C.; Debebe, J.; Ball, J.; Chappell, J.; Khakh, M.; Carlile, M.; Loose, M.; Lister, M. M.; Holmes, N.; Tsoleridis, T.; Fleming, V. M.; Wright, V.; Smith, W.; Gallagher, M. D.; Parker, M.; Partridge, D. G.; Evans, C.; Baker, P.; Essex, S.; Liggett, S.; Keeley, A. J.; Bashton, M.; Rooke, S.; Dervisavic, S.; Meader, E. J.; Lopez, C. E. B.; Angyal, A.; Kristiansen, M.; Tutill, H. J.; Findlay, J.; Mestek-Boukhibar, L.; Forrest, L.; Dyal, P.; Williams, R. J.; Panchbhaya, Y.; Williams, C. A.; Roy, S.; Pandey, S.; Stockton, J.; Loman, N. J.; Poplawski, R.; Nicholls, S.; Rowe, W. P. M.; Khokhar, F.; Pinckert, M. L.; Hosmillo, M.; Chaudhry, Y.; Caller, L. G.; Davidson, R. K.; Griffith, L.; Rambaut, A.; Jackson, B.; Colquhoun, R.; Hill, V.; Nichols, J.; Asamaphan, P.; Darby, A.; Jackson, K. A.; Iturriza-Gomara, M.; Vamos, E. E.; Green, A.; Aanensen, D.; Bonsall, D.; Buck, D.; Macintyre-Cockett, G.; de Cesare, M.; Pybus, O.; Golubchik, T.; Scarlett, G.; Loveson, K. F.; Robson, S. C.; Beckett, A.; Lindsey, B.; Groves, D. C.; Parsons, P. J.; Mchugh, M. P.; Barnes, J. D.; Manso, C. F.; Grammatopoulos, D.; Menger, K. E.; Harrison, E.; Gunson, R.; Peacock, S. J.; Gonzalez, G.; Carr, M.; Mihaela, L.; Popovici, O.; Brytting, M.; Bresner, C.; Fuller, W.; Workman, T.; Mentis, A. F.; Kossyvakis, A.; Karamitros, T.; Pogka, V.; Kalliaropoulos, A.; Horefti, E.; Kontou, A.; Martinez-Gonzalez, B.; Labropoulou, V.; Voulgari-Kokota, A.; Evangelidou, M.; Bizta, P.; Belimezi, M.; Lambrechts, L.; Doymaz, M. Z.; Yazici, M. K.; Cetin, N. S.; Karaaslan, E.; Kallio-Kokko, H.; Virtanen, J.; Suvanto, M.; Nguyen, P. T.; Ellonen, P.; Hannula, S.; Kangas, H.; Sreenu, V. B.; Burian, K.; Terhes, G.; Gombos, K.; Gyenesei, A.; Urban, P.; Herczeg, R.; Jakab, F.; Kemenesi, G.; Toth, G. E.; Somogyi, B.; Zana, B.; Zeghbib, S.; Kuczmog, A.; Foldes, F.; Lanszki, Z.; Madai, M.; Papp, H.; Nagy, A.; Pereszlenyi, C. I.; Babinszky, G. C.; Dudas, G.; Csoma, E.; Abou Tayoun, A. N.; Alsheikh-Ali, A. A.; Loney, T.; Nowotny, N.; Abdul-Wahab, O.; Gonzalez-Candelas, F.; Andersen, M. H.; Taylor, S.

doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410

We show the distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three genomic nomenclature systems to all sequence data from the World Health Organization European Region available until 10 July 2020. We highlight the importance of real-time sequencing and data dissemination in a pandemic situation, compare the nomenclatures and lay a foundation for future European genomic surveillance of SARS-CoV-2.