Associations of autozygosity with a broad range of human phenotypes

Clark, D. W.; Okada, Y.; Moore, K. H. S.; Mason, D.; Pirastu, N.; Gandin, I.; Mattsson, H.; Barnes, C. L. K.; Lin, K.; Zhao, J. H.; Deelen, P.; Rohde, R.; Schurmann, C.; Guo, X.; Giulianini, F.; Zhang, W.; Medina-Gomez, C.; Karlsson, R.; Bao, Y.; Bartz, T. M.; Baumbach, C.; Biino, G.; Bixley, M. J.; Brumat, M.; Chai, J. -F.; Corre, T.; Cousminer, D. L.; Dekker, A. M.; Eccles, D. A.; van Eijk, K. R.; Fuchsberger, C.; Gao, H.; Germain, M.; Gordon, S. D.; de Haan, H. G.; Harris, S. E.; Hofer, E.; Huerta-Chagoya, A.; Igartua, C.; Jansen, I. E.; Jia, Y.; Kacprowski, T.; Karlsson, T.; Kleber, M. E.; S. A., Li; Li-Gao, R.; Mahajan, A.; Matsuda, K.; Meidtner, K.; Meng, W.; Montasser, M. E.; van der Most, P. J.; Munz, M.; Nutile, T.; Palviainen, T.; Prasad, G.; Prasad, R. B.; Priyanka, T. D. S.; Rizzi, F.; Salvi, E.; Sapkota, B. R.; Shriner, D.; Skotte, L.; Smart, M. C.; Smith, A. V.; van der Spek, A.; Spracklen, C. N.; Strawbridge, R. J.; Tajuddin, S. M.; Trompet, S.; Turman, C.; Verweij, N.; Viberti, C.; Wang, L.; Warren, H. R.; Wootton, R. E.; Yanek, L. R.; Yao, J.; Yousri, N. A.; Zhao, W.; Adeyemo, A. A.; Afaq, S.; Aguilar-Salinas, C. A.; Akiyama, M.; Albert, M. L.; Allison, M. A.; Alver, M.; Aung, T.; Azizi, F.; Bentley, A. R.; Boeing, H.; Boerwinkle, E.; Borja, J. B.; de Borst, G. J.; Bottinger, E. P.; Broer, L.; Campbell, H.; Chanock, S.; Chee, M. -L.; Chen, G.; Chen, Y. -D. I.; Chen, Z.; Chiu, Y. -F.; Cocca, M.; Collins, F. S.; Concas, M. P.; Corley, J.; Cugliari, G.; van Dam, R. M.; Damulina, A.; Daneshpour, M. S.; Day, F. R.; Delgado, G. E.; Dhana, K.; Doney, A. S. F.; Dorr, M.; Doumatey, A. P.; Dzimiri, N.; Ebenesersdottir, S. S.; Elliott, J.; Elliott, P.; Ewert, R.; Felix, J. F.; Fischer, K.; Freedman, B. I.; Girotto, G.; Goel, A.; Gogele, M.; Goodarzi, M. O.; Graff, M.; Granot-Hershkovitz, E.; Grodstein, F.; Guarrera, S.; Gudbjartsson, D. F.; Guity, K.; Gunnarsson, B.; Guo, Y.; Hagenaars, S. P.; Haiman, C. A.; Halevy, A.; Harris, T. B.; Hedayati, M.; van Heel, D. A.; Hirata, M.; Hofer, I.; Hsiung, C. A.; Huang, J.; Hung, Y. -J.; Ikram, M. A.; Jagadeesan, A.; Jousilahti, P.; Kamatani, Y.; Kanai, M.; Kerrison, N. D.; Kessler, T.; Khaw, K. -T.; Khor, C. C.; de Kleijn, D. P. V.; Koh, W. -P.; Kolcic, I.; Kraft, P.; Kramer, B. K.; Kutalik, Z.; Kuusisto, J.; Langenberg, C.; Launer, L. J.; Lawlor, D. A.; Lee, I. -T.; Lee, W. -J.; Lerch, M. M.; Li, L.; Liu, J.; Loh, M.; London, S. J.; Loomis, S.; Lu, Y.; Luan, J.; Magi, R.; Manichaikul, A. W.; Manunta, P.; Masson, G.; Matoba, N.; Mei, X. W.; Meisinger, C.; Meitinger, T.; Mezzavilla, M.; Milani, L.; Millwood, I. Y.; Momozawa, Y.; Moore, A.; Morange, P. -E.; Moreno-Macias, H.; Mori, T. A.; Morrison, A. C.; Muka, T.; Murakami, Y.; Murray, A. D.; de Mutsert, R.; Mychaleckyj, J. C.; Nalls, M. A.; Nauck, M.; Neville, M. J.; Nolte, I. M.; Ong, K. K.; Orozco, L.; Padmanabhan, S.; Palsson, G.; Pankow, J. S.; Pattaro, C.; Pattie, A.; Polasek, O.; Poulter, N.; Pramstaller, P. P.; Quintana-Murci, L.; Raikkonen, K.; Ralhan, S.; Rao, D. C.; van Rheenen, W.; Rich, S. S.; Ridker, P. M.; Rietveld, C. A.; Robino, A.; van Rooij, F. J. A.; Ruggiero, D.; Saba, Y.; Sabanayagam, C.; Sabater-Lleal, M.; Sala, C. F.; Salomaa, V.; Sandow, K.; Schmidt, H.; Scott, L. J.; Scott, W. R.; Sedaghati-Khayat, B.; Sennblad, B.; van Setten, J.; Sever, P. J.; Sheu, W. H. -H.; Shi, Y.; Shrestha, S.; Shukla, S. R.; Sigurdsson, J. K.; Sikka, T. T.; Singh, J. R.; Smith, B. H.; Stancakova, A.; Stanton, A.; Starr, J. M.; Stefansdottir, L.; Straker, L.; Sulem, P.; Sveinbjornsson, G.; Swertz, M. A.; Taylor, A. M.; Taylor, K. D.; Terzikhan, N.; Tham, Y. -C.; Thorleifsson, G.; Thorsteinsdottir, U.; Tillander, A.; Tracy, R. P.; Tusie-Luna, T.; Tzoulaki, I.; Vaccargiu, S.; Vangipurapu, J.; Veldink, J. H.; Vitart, V.; Volker, U.; Vuoksimaa, E.; Wakil, S. M.; Waldenberger, M.; Wander, G. S.; Wang, Y. X.; Wareham, N. J.; Wild, S.; Yajnik, C. S.; Yuan, J. -M.; Zeng, L.; Zhang, L.; Zhou, J.; Amin, N.; Asselbergs, F. W.; Bakker, S. J. L.; Becker, D. M.; Lehne, B.; Bennett, D. A.; van den Berg, L. H.; Berndt, S. I.; Bharadwaj, D.; Bielak, L. F.; Bochud, M.; Boehnke, M.; Bouchard, C.; Bradfield, J. P.; Brody, J. A.; Campbell, A.; Carmi, S.; Caulfield, M. J.; Cesarini, D.; Chambers, J. C.; Chandak, G. R.; Cheng, C. -Y.; Ciullo, M.; Cornelis, M.; Cusi, D.; Smith, G. D.; Deary, I. J.; Dorajoo, R.; van Duijn, C. M.; Ellinghaus, D.; Erdmann, J.; Eriksson, J. G.; Evangelou, E.; Evans, M. K.; Faul, J. D.; Feenstra, B.; Feitosa, M.; Foisy, S.; Franke, A.; Friedlander, Y.; Gasparini, P.; Gieger, C.; Gonzalez, C.; Goyette, P.; Grant, S. F. A.; Griffiths, L. R.; Groop, L.; Gudnason, V.; Gyllensten, U.; Hakonarson, H.; Hamsten, A.; van der Harst, P.; Heng, C. -K.; Hicks, A. A.; Hochner, H.; Huikuri, H.; Hunt, S. C.; Jaddoe, V. W. V.; De Jager, P. L.; Johannesson, M.; Johansson, A.; Jonas, J. B.; Jukema, J. W.; Junttila, J.; Kaprio, J.; Kardia, S. L. R.; Karpe, F.; Kumari, M.; Laakso, M.; van der Laan, S. W.; Lahti, J.; Laudes, M.; Lea, R. A.; Lieb, W.; Lumley, T.; Martin, N. G.; Marz, W.; Matullo, G.; McCarthy, M. I.; Medland, S. E.; Merriman, T. R.; Metspalu, A.; Meyer, B. F.; Mohlke, K. L.; Montgomery, G. W.; Mook-Kanamori, D.; Munroe, P. B.; North, K. E.; Nyholt, D. R.; O'connell, J. R.; Ober, C.; Oldehinkel, A. J.; Palmas, W.; Palmer, C.; Pasterkamp, G. G.; Patin, E.; Pennell, C. E.; Perusse, L.; Peyser, P. A.; Pirastu, M.; Polderman, T. J. C.; Porteous, D. J.; Posthuma, D.; Psaty, B. M.; Rioux, J. D.; Rivadeneira, F.; Rotimi, C.; Rotter, J. I.; Rudan, I.; Den Ruijter, H. M.; Sanghera, D. K.; Sattar, N.; Schmidt, R.; Schulze, M. B.; Schunkert, H.; Scott, R. A.; Shuldiner, A. R.; Sim, X.; Small, N.; Smith, J. A.; Sotoodehnia, N.; Tai, E. -S.; Teumer, A.; Timpson, N. J.; Toniolo, D.; Tregouet, D. -A.; Tuomi, T.; Vollenweider, P.; Wang, C. A.; Weir, D. R.; Whitfield, J. B.; Wijmenga, C.; Wong, T. -Y.; Wright, J.; Yang, J.; Yu, L.; Zemel, B. S.; Zonderman, A. B.; Perola, M.; Magnusson, P. K. E.; Uitterlinden, A. G.; Kooner, J. S.; Chasman, D. I.; Loos, R. J. F.; Franceschini, N.; Franke, L.; Haley, C. S.; Hayward, C.; Walters, R. G.; Perry, J. R. B.; Esko, T.; Helgason, A.; Stefansson, K.; Joshi, P. K.; Kubo, M.; Wilson, J. F.

doi:10.1038/s41467-019-12283-6

In many species, the offspring of related parents suffer reduced reproductive success, a phenomenon known as inbreeding depression. In humans, the importance of this effect has remained unclear, partly because reproduction between close relatives is both rare and frequently associated with confounding social factors. Here, using genomic inbreeding coefficients (FROH) for >1.4 million individuals, we show that FROH is significantly associated (p < 0.0005) with apparently deleterious changes in 32 out of 100 traits analysed. These changes are associated with runs of homozygosity (ROH), but not with common variant homozygosity, suggesting that genetic variants associated with inbreeding depression are predominantly rare. The effect on fertility is striking: FROH equivalent to the offspring of first cousins is associated with a 55% decrease [95% CI 44–66%] in the odds of having children. Finally, the effects of FROH are confirmed within full-sibling pairs, where the variation in FROH is independent of all environmental confounding.

Titolo:	Associations of autozygosity with a broad range of human phenotypes
Autori:	Clark D. W. Okada Y. Moore K. H. S. MASONI, DAVIDE PIRASTU, Nicola GANDIN, ILARIA Mattsson H. Barnes C. L. K. COLLINS MANI, ANNA KATHLEEN Zhao J. H. Deelen P. Rohde R. Schurmann C. Guo X. Giulianini F. Zhang W. Medina-Gomez C. Karlsson R. Bao Y. Bartz T. M. Baumbach C. Biino G. Bixley M. J. Brumat M. Chai J. -F. Corre T. Cousminer D. L. Dekker A. M. Eccles D. A. van Eijk K. R. Fuchsberger C. Gao H. Germain M. Gordon S. D. de Haan H. G. Harris S. E. REISENHOFER, EDOARDO Huerta-Chagoya A. Igartua C. Jansen I. E. YE, JIA YI Kacprowski T. Karlsson T. Kleber M. E. Li S. A. Li-Gao R. Mahajan A. Matsuda K. Meidtner K. Meng W. Montasser M. E. van der Most P. J. Munz M. Nutile T. Palviainen T. Prasad G. Prasad R. B. Priyanka T. D. S. Rizzi F. Salvi E. Sapkota B. R. Shriner D. Skotte L. Smart M. C. Smith A. V. van der Spek A. Spracklen C. N. Strawbridge R. J. Tajuddin S. M. Trompet S. Turman C. Verweij N. VIBERTI, BIANCA WANG, LIANQIN Warren H. R. Wootton R. E. Yanek L. R. Yao J. Yousri N. A. ZHAO, WENKE Adeyemo A. A. Afaq S. Aguilar-Salinas C. A. Akiyama M. Albert M. L. Allison M. A. Alver M. Aung T. Azizi F. Bentley A. R. Boeing H. Boerwinkle E. Borja J. B. de Borst G. J. Bottinger E. P. Broer L. Campbell H. Chanock S. Chee M. -L. SCHENA, GIANNI Chen Y. -D. I. Chen Z. Chiu Y. -F. Cocca M. Collins F. S. CONCAS, MARIA PINA Corley J. Cugliari G. van Dam R. M. Damulina A. Daneshpour M. S. Day F. R. Delgado G. E. Dhana K. Doney A. S. F. Dorr M. Doumatey A. P. Dzimiri N. Ebenesersdottir S. S. Elliott J. Elliott P. Ewert R. Felix J. F. Fischer K. Freedman B. I. GIROTTO, GIORGIA Goel A. Gogele M. Goodarzi M. O. GRAFFEO, MICHELE Granot-Hershkovitz E. Grodstein F. Guarrera S. Gudbjartsson D. F. Guity K. Gunnarsson B. Guo Y. Hagenaars S. P. Haiman C. A. Halevy A. Harris T. B. Hedayati M. van Heel D. A. Hirata M. Hofer I. Hsiung C. A. Huang J. Hung Y. -J. Ikram M. A. Jagadeesan A. Jousilahti P. Kamatani Y. Kanai M. Kerrison N. D. Kessler T. Khaw K. -T. Khor C. C. de Kleijn D. P. V. Koh W. -P. Kolcic I. Kraft P. Kramer B. K. Kutalik Z. Kuusisto J. Langenberg C. Launer L. J. Lawlor D. A. Lee I. -T. Lee W. -J. Lerch M. M. Li L. GALLIUSSI, JESSICA Loh M. London S. J. Loomis S. Lu Y. Luan J. MAGI, GIANFRANCO Manichaikul A. W. Manunta P. Masson G. Matoba N. Mei X. W. Meisinger C. Meitinger T. MEZZAVILLA, MASSIMO Milani L. Millwood I. Y. Momozawa Y. MOORE, GERALD HOLYOAKE Morange P. -E. Moreno-Macias H. Mori T. A. Morrison A. C. Muka T. Murakami Y. Murray A. D. de Mutsert R. Mychaleckyj J. C. Nalls M. A. Nauck M. Neville M. J. Nolte I. M. Ong K. K. Orozco L. Padmanabhan S. Palsson G. Pankow J. S. Pattaro C. Pattie A. Polasek O. Poulter N. Pramstaller P. P. Quintana-Murci L. Raikkonen K. Ralhan S. Rao D. C. van Rheenen W. Rich S. S. Ridker P. M. Rietveld C. A. ROBINO, ANTONIETTA van Rooij F. J. A. RUGGIERO, Giada Saba Y. Sabanayagam C. Sabater-Lleal M. Sala C. F. Salomaa V. Sandow K. SCHMIDT, CHRISTOPH FRIEDRICH Scott L. J. Scott W. R. Sedaghati-Khayat B. Sennblad B. van Setten J. Sever P. J. Sheu W. H. -H. VAIDYA, SHITAL RAMCHANDRA Shrestha S. Shukla S. R. Sigurdsson J. K. Sikka T. T. Singh J. R. Smith B. H. Stancakova A. Stanton A. Starr J. M. Stefansdottir L. Straker L. Sulem P. Sveinbjornsson G. Swertz M. A. Taylor A. M. Taylor K. D. Terzikhan N. Tham Y. -C. Thorleifsson G. Thorsteinsdottir U. Tillander A. Tracy R. P. Tusie-Luna T. Tzoulaki I. Vaccargiu S. Vangipurapu J. Veldink J. H. Vitart V. Volker U. Vuoksimaa E. Wakil S. M. Waldenberger M. Wander G. S. Wang Y. X. Wareham N. J. Wild S. Yajnik C. S. Yuan J. -M. Zeng L. ZHANG, LIHONG Zhou J. Amin N. Asselbergs F. W. Bakker S. J. L. Becker D. M. Lehne B. Bennett D. A. van den Berg L. H. Berndt S. I. Bharadwaj D. Bielak L. F. Bochud M. Boehnke M. Bouchard C. Bradfield J. P. Brody J. A. Campbell A. LOPS, CARMINE Caulfield M. J. Cesarini D. Chambers J. C. Chandak G. R. Cheng C. -Y. MASCIULLO, MARA MAAN, JAN CORNELIS Cusi D. Smith G. D. Deary I. J. Dorajoo R. van Duijn C. M. Ellinghaus D. Erdmann J. Eriksson J. G. Evangelou E. Evans M. K. Faul J. D. Feenstra B. Feitosa M. Foisy S. Franke A. Friedlander Y. GASPARINI, PAOLO Gieger C. GONZALEZ, VERONICA GRACIELA Goyette P. Grant S. F. A. Griffiths L. R. Groop L. Gudnason V. Gyllensten U. Hakonarson H. Hamsten A. van der Harst P. Heng C. -K. Hicks A. A. Hochner H. Huikuri H. Hunt S. C. Jaddoe V. W. V. De Jager P. L. Johannesson M. Johansson A. Jonas J. B. Jukema J. W. Junttila J. Kaprio J. Kardia S. L. R. Karpe F. Kumari M. Laakso M. van der Laan S. W. Lahti J. Laudes M. LEA, RAMONA Lieb W. Lumley T. Martin N. G. Marz W. Matullo G. McCarthy M. I. Medland S. E. Merriman T. R. Metspalu A. Meyer B. F. Mohlke K. L. Montgomery G. W. Mook-Kanamori D. Munroe P. B. North K. E. Nyholt D. R. O'connell J. R. Ober C. Oldehinkel A. J. Palmas W. PALMER, SANCHEZ OKIEFFY ROYDELL Pasterkamp G. G. Patin E. Pennell C. E. Perusse L. Peyser P. A. Pirastu M. Polderman T. J. C. Porteous D. J. Posthuma D. Psaty B. M. Rioux J. D. Rivadeneira F. Rotimi C. Rotter J. I. Rudan I. Den Ruijter H. M. Sanghera D. K. Sattar N. Schmidt R. Schulze M. B. Schunkert H. Scott R. A. Shuldiner A. R. Sim X. Small N. Smith J. A. Sotoodehnia N. Tai E. -S. Teumer A. Timpson N. J. Toniolo D. Tregouet D. -A. Tuomi T. Vollenweider P. Wang C. A. Weir D. R. Whitfield J. B. Wijmenga C. Wong T. -Y. Wright J. Yang J. Yu L. Zemel B. S. Zonderman A. B. Perola M. Magnusson P. K. E. Uitterlinden A. G. Kooner J. S. Chasman D. I. Loos R. J. F. Franceschini N. Franke L. Haley C. S. Hayward C. Walters R. G. Perry J. R. B. Esko T. Helgason A. Stefansson K. Joshi P. K. Kubo M. Wilson J. F. (Corresponding) mostra contributor esterni nascondi contributor esterni
Data di pubblicazione:	2019
Stato di pubblicazione:	Pubblicato
Rivista:	NATURE COMMUNICATIONS
Abstract:	In many species, the offspring of related parents suffer reduced reproductive success, a phenomenon known as inbreeding depression. In humans, the importance of this effect has remained unclear, partly because reproduction between close relatives is both rare and frequently associated with confounding social factors. Here, using genomic inbreeding coefficients (FROH) for >1.4 million individuals, we show that FROH is significantly associated (p < 0.0005) with apparently deleterious changes in 32 out of 100 traits analysed. These changes are associated with runs of homozygosity (ROH), but not with common variant homozygosity, suggesting that genetic variants associated with inbreeding depression are predominantly rare. The effect on fertility is striking: FROH equivalent to the offspring of first cousins is associated with a 55% decrease [95% CI 44–66%] in the odds of having children. Finally, the effects of FROH are confirmed within full-sibling pairs, where the variation in FROH is independent of all environmental confounding.
Handle:	http://hdl.handle.net/11368/2964027
Digital Object Identifier (DOI):	http://dx.doi.org/10.1038/s41467-019-12283-6
URL:	https://www.nature.com/articles/s41467-019-12283-6
Appare nelle tipologie:	1.1 Articolo in Rivista

File in questo prodotto:

File	Descrizione	Tipologia	Licenza
s41467-019-12283-6.pdf	This article is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License,	Documento in Versione Editoriale		Open Access Visualizza/Apri
41467_2019_12283_MOESM1_ESM.pdf	supplementary material	Altro materiale allegato		Open Access Visualizza/Apri

Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento:
http://hdl.handle.net/11368/2964027

Citazioni

I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.

ArTS Archivio della ricerca di Trieste

File in questo prodotto: